《新修本草》对本草部分的编修，是在陶弘景《本草经集注》一书基础上发展而成的。其在卷数上，将陶弘景书之7卷扩充为20卷;在药物数量上，将陶弘景书之730种增加到850种，其中有不少的药，如龙脑、安息香、茴香、诃子、阿魏、郁金、胡椒等，都是在当时中外经济文化交流影响下输入中国，且经试用有效，而首次被正式收入本草的。在药物分类上，陶弘景书原分为7类，《新修本草》改分为玉石、草、木、禽兽、虫鱼、果、菜、米、有名无用9类。在内容安排上，《新修本草》把陶弘景《本草经集注》卷1“序录”析为“序例上”1卷、“序例下”1卷，把其余6卷析为18卷。这18卷中，药物正文用大字书写，注文用小字书写。正文凡属《神农本草经》文用朱字，《名医别录》文和唐代修订时新增药用黑字。《名医别录》文不加任何标记;修订时新增药物的正文末尾则标注“新附”字样。凡属陶弘景注文不加任何记号;凡属修订时新增的注文，在注文的开头，一律冠以“谨案”2字。这些标记，对本草文献来源起着重要保存作用。